Estudió Derecho en la Universidad de Munich (Alemania) y en Granada (España). Completó la Maestría en Derecho Internacional de los Derechos Humanos de la Universidad de Essex (Inglaterra). Ha sido asistente de investigación del Instituto de Ciencias Criminales de la Universidad de Göttingen, asesor legal de la Corte Interamericana de Derechos Humanos, y consultor de varias organizaciones no gubernamentales en Colombia.

A partir de 2023, Florian Huber dirige la oficina Ciudad de México - México y El Caribe de la Fundación Heinrich Böll.